Existen varios programas, generalmente scripts de servidor en Perl o PHP, que implementan un wiki. Con frecuencia, suelen utilizar una base de datos, como MySQL.
Suelen distinguirse por:
- Destino: para uso personal, para intranets, para la web...
- Funcionalidad: pueden o no mantener historiales, tener opciones de seguridad, permitir subir archivos, tener editores WYSIWYG...
Algunos de los más utilizados son:
- UseModWiki: el más antiguo, escrito en Perl.
- MediaWiki: utilizado en todos los proyectos de Wikimedia. Basado en PHP y MySQL.
- PhpWiki: basado en UseMod. Escrito en PHP, puede utilizar distintas bases de datos.
- TikiWiki: CMS completo, con un wiki muy desarrollado, usando PHP y MySQL.
- DokuWiki: Un wiki completo escrito en PHP sin necesidad de bases de datos (usa sólo ficheros de texto).
- WikkaWiki: basado en WakkaWiki, un wiki muy ligero. Usa PHP y MySQL.
- MoinMoin: Modular. Escrito en Python.
- OpenWiking: Wiki programado en ASP.
